Центарот е организиран во три посебни единици:
Центарот организира и спроведува:
Истражувања
од областа на здравјето и унапредување на здравјето, ризичните однесувања кај младите, пострауматскиот стрес, психолошката отпорност, правата на детето итн.
Обуки (тренинг)
во областа на: менталното и емоционалното здравје; психолошкиот стрес, криза и траума; психосоцијалната и кризната интервенција; унапредување на здравјето и здравственото образование; подготовката и евалуацијата на психосоцијални проекти и програми итн.
Психосоцијални и кризни акции во заедници
погодени со акутна, или континуирана криза (конфликтна и пост-конфликтна заедница, мултиетнички заедници, маргинализирани групи (ЛГБТ заедница; ромска заедница; девојки, жени од маргинализирани заедници, самохрани родители), организации под ризик - училишта, семејства, неформални групи)
Психолошка помош и поддршка
на поединци (деца, млади, жени, родители, наставници итн.), или на групи по преживеан трауматски стрес (психоедукација, консултации, пост-трауматска психотерапија, дебрифинг)
Консултации и супервизија
на професионалци, полупрофесионалци, волонтери (помагачи), и организации за помош.
Издавачка дејност
објавување стручна литература и работни материјали: книги, прирачници, зборници, брошури /во сопствено издание, или соработка со други издавачи/.
Програмските активности на Центарот се реализираат со стручни тимови формирани по потреба /на проект, или одредени задачи на Центарот/. Тимовите работат според годишна програма, како и според ургентни потреби на заедницата (мали групи, училиште, семејство...). Со секој тим раководи координатор. Со Центарот раководи оснивачот преку координатори на тимовите. Центарот има бројни соработници во земјата и во странство.
Со проектите на Центарот раководат тимови со интердициплинарен состав, од областа на; психологијата, детските права, образованието, социјалните политики, здравството и сл.. Во тимовите по потреба членуваат и волонтери, апсолвенти од соодветната студиска група, поврзана со целите на проектот.